結論から言うと、医療費控除の確定申告は「医療費の集計」→「医療費控除の明細書の作成」→「確定申告書の作成」→「提出・還付」という4つのステップで進みます。会社員であっても、医療費控除は年末調整では処理されないため、自分で確定申告をする必要があります。この記事では、それぞれのステップで何をすればよいかを解説します。
ステップ1: 医療費と保険金等の金額を集計する
まず、その年の1月1日から12月31日までに、自分や生計を一にする家族のために支払った医療費の領収書やレシートを集め、合計額を計算します。あわせて、生命保険の入院給付金や健康保険の高額療養費など、医療費に対して支給された保険金等の金額も集計しておきます。医療費控除額の計算では、支払った医療費からこの保険金等の金額を差し引く必要があるためです。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）ステップ2: 医療費控除の明細書を作成する
次に、集計した医療費をもとに「医療費控除の明細書」を作成します。健康保険組合等から送られてくる医療費通知（医療費のお知らせ）がある場合は、それを添付することで明細書の記載を簡略化できます。医療費の領収書自体は確定申告書に添付する必要はありませんが、確定申告期限等から5年を経過する日までの間、税務署から提示または提出を求められる場合があるため保管しておきます。
ステップ3: 確定申告書を作成する
医療費控除の明細書ができたら、確定申告書を作成します。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、画面の案内に沿って金額を入力するだけで、医療費控除の明細書を含む必要書類が自動的に作成できます。書面で作成して税務署へ持参・郵送する方法のほか、e-Taxを使ってオンラインで提出する方法もあります。
出典: 確定申告書等作成コーナーステップ4: 提出して還付を待つ
作成した確定申告書を、所轄の税務署に提出します。給与所得者が医療費控除だけを目的に確定申告をする場合は「還付申告」に当たり、通常の確定申告期間（原則2月16日〜3月15日）にかかわらず、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。提出後、内容に不備がなければ、指定した口座に還付金が振り込まれます。
出典: 国税庁タックスアンサー No.2030 還付申告実際の還付見込み額を知りたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターで試算してみてください。