結論から言うと、会社員が医療費控除の適用を受けるためだけに行う確定申告は「還付申告」に当たり、勤務先の源泉徴収票の内容と、その年に支払った医療費をもとに医療費控除の明細書を作成し、確定申告書とあわせて提出すれば手続きができます。この記事では、会社員が医療費控除だけを目的に申告する場合の流れを解説します。
会社員の医療費控除の申告は「還付申告」
年末調整によって所得税額と納税が確定している会社員が、医療費控除の適用を受けるためだけに行う確定申告は、納め過ぎた所得税の還付を受けるための「還付申告」に当たります。医療費控除は年末調整では処理されないため、還付を受けるには自分で確定申告をする必要があります。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人・国税庁タックスアンサー No.2030 還付申告事前に準備するもの
申告の前に、勤務先から発行された源泉徴収票の内容（給与収入や源泉徴収税額）と、その年に自分や家族のために支払った医療費の合計額、生命保険の入院給付金など保険金等の補填額を確認しておきます。医療費通知が届いている場合は、それも手元に用意しておくと、医療費控除の明細書の作成が簡単になります。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）申告の方法
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、源泉徴収票の内容や医療費の金額を画面の案内に沿って入力するだけで、確定申告書と医療費控除の明細書が自動的に作成されます。作成したデータは、e-Taxでオンライン提出することも、印刷して所轄の税務署へ書面で提出することもできます。
出典: 確定申告書等作成コーナーいつまでに提出すればよいか
医療費控除だけを目的とする還付申告は、通常の確定申告期間（原則2月16日〜3月15日）とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。急いで確定申告期間内に手続きをしなければならないわけではありませんが、忘れないうちに手続きを済ませておくのがおすすめです。
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