結論から言うと、医療費控除の確定申告は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で金額を入力し、e-Tax（国税電子申告・納税システム）を使って送信すれば、税務署に行かずオンラインで完結できます。この記事では、e-Taxで申告する際の流れと、事前に準備するものを解説します。
e-Taxとは
e-Taxは、確定申告書等の申告データをインターネット経由で提出できる国税庁の電子申告システムです。医療費控除の申告でも、書面で印刷して提出する代わりに、作成したデータをそのままオンラインで送信できます。
出典: e-Tax（国税電子申告・納税システム）申告の流れ
まず「確定申告書等作成コーナー」で、収入や医療費の金額などを画面の案内に沿って入力します。医療費控除の明細書も、入力した内容から自動的に作成されます。入力が終わったら、そのままe-Taxで送信するか、印刷して書面で提出するかを選べます。e-Taxで送信する場合は、送信後に受付結果を確認できます。
出典: 確定申告書等作成コーナー・e-Taxの利用方法マイナンバーカード方式とID・パスワード方式
e-Taxで送信する方法には、主にマイナンバーカードとスマートフォンまたはICカードリーダライタを使う「マイナンバーカード方式」と、税務署で発行を受けたID・パスワードを使う「ID・パスワード方式」があります。どちらの方式が使えるか、事前にどのような準備が必要かは、国税庁のe-Tax利用方法のページで確認できます。
準備しておくもの
医療費控除をe-Taxで申告する場合も、事前に集計しておく医療費・保険金等の金額、還付金を受け取る口座情報は書面申告と変わりません。加えて、マイナンバーカード方式であればマイナンバーカードとスマートフォン（またはICカードリーダライタ）、ID・パスワード方式であれば税務署で発行された利用者識別番号とパスワードを用意しておきます。
e-Taxのメリットと注意点
e-Taxを使うと、税務署の窓口や郵送の手間を省いて自宅から申告できます。還付の処理期間についても、書面提出に比べて短くなる傾向があるとされていますが、具体的な目安は年度によって案内が変わるため、申告時期の国税庁の案内を確認してください。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、e-Taxで申告する場合も両方の控除額を合算して入力することはできません。
どちらの制度が有利か試算したい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターをご利用ください。