結論から言うと、総所得金額等が200万円未満の場合、医療費控除の足切り額は10万円ではなく総所得金額等×5%になります。所得が少ない人ほど足切り額が下がるため、対象になる可能性はむしろ高まります。総所得金額等150万円・医療費10万円というケースで試算します。
足切り額は所得によって変わる
医療費控除の足切り額は一律10万円ではなく、総所得金額等が200万円未満の場合は「総所得金額等×5%」まで下がります。そのため、収入が少ない人ほど低い医療費でも対象になりやすい仕組みになっています。
医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計額 － 保険金等で補填される金額 － 足切り額出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）
想定ケース：総所得金額等150万円、医療費10万円
総所得金額等150万円、1年間の医療費10万円、保険金等の補填がなかったケースで試算します。総所得金額等150万円は200万円未満のため、足切り額は「150万円×5%＝7.5万円」です。医療費控除額は「10万円－0円－7.5万円＝2.5万円」になります。
還付額の目安
控除額2.5万円に、仮に所得税率を5%とすると、所得税の還付目安はおよそ1,300円になります。これとは別に、翌年度の住民税がおよそ2,500円軽減される目安になります。金額自体は小さいものの、総所得金額等が200万円以上であれば足切り額10万円に届かず対象外になっていたケースでも、200万円未満なら対象になり得る点がポイントです。
それでも対象外になった場合
医療費や保険金の関係で控除額が0円になった場合でも、レシートや領収書は保管しておくとよいでしょう。翌年以降、医療費がかさんだ年にまとめて申告できる可能性があります。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の適用を受けることはできません。医療費が少ない年はセルフメディケーション税制の対象額（OTC医薬品購入費－保険金等－12,000円）の方を試算してみる価値があります。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用還付見込み額を知りたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターで、両制度を横並びで比較できます。