結論から言うと、公務員も会社員と同じ給与所得者として医療費控除の計算方法が適用されます。年末調整では申告できないため、還付を受けるには自分で確定申告をする必要があります。年収450万円・医療費25万円というケースで試算します。
公務員も確定申告が必要
医療費控除は所得控除の中でも年末調整の対象外の制度です。共済組合の給与所得であっても扱いは同じで、勤務先が自動的に手続きしてくれるわけではありません。還付を受けるには、税務署への確定申告書の提出（またはe-Taxでの申告）が必要です。
想定ケース：額面年収450万円、医療費25万円
額面年収450万円の公務員が、1年間で医療費25万円を支払い、保険金等の補填がなかったケースで試算します。給与所得控除を差し引くと、総所得金額等はおよそ316万円になります。
医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計額 － 保険金等で補填される金額 － 足切り額
総所得金額等が200万円以上のため、足切り額は10万円です。医療費控除額は「25万円－0円－10万円＝15万円」になります。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）還付額の目安
控除額15万円に、仮に所得税率を10%とすると、所得税の還付目安はおよそ1.5万円になります。これとは別に、翌年度の住民税がおよそ1.5万円軽減される目安になります。共済組合の医療保険から給付を受けている場合は、その分を保険金等の補填額として差し引く必要がある点に注意してください。
セルフメディケーション税制との関係
自治体や共済組合の健康診断を毎年受けている公務員は、「一定の取組」の要件を満たしやすく、セルフメディケーション税制の対象になる可能性もあります。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の適用を受けることはできません。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用還付見込み額を知りたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターで、両制度を横並びで比較できます。