結論から言うと、会社員の医療費控除による還付額は、医療費控除額に所得税率をかけた金額が所得税の還付、控除額のおよそ10%が翌年度の住民税軽減の目安になります。年収500万円・医療費40万円というケースで具体的に見ていきます。
会社員は年末調整では申告できない
医療費控除は年末調整の対象外のため、給与所得者であっても医療費控除を受けるには自分で確定申告をする必要があります。勤務先が代わりに手続きしてくれるわけではない点に注意してください。
想定ケース：額面年収500万円、医療費40万円
額面年収500万円の会社員が、1年間で医療費40万円を支払い、医療保険から5万円の給付を受けたケースで試算します。給与所得控除を差し引くと、総所得金額等はおよそ356万円になります。
医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計額 － 保険金等で補填される金額 － 足切り額
総所得金額等が200万円以上のため、足切り額は10万円です。医療費控除額は「40万円－5万円－10万円＝25万円」となります。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）還付額の目安
控除額25万円に、仮に所得税率を20%とすると、所得税の還付目安はおよそ5万円になります。これとは別に、翌年度の住民税がおよそ2.5万円軽減される目安になります。所得税の還付と住民税の軽減は時期も性質も異なるため、別々のものとして理解しておくとよいでしょう。実際の還付額は所得税率や控除の組み合わせによって変わるため、あくまで目安として捉えてください。
セルフメディケーション税制との関係
OTC医薬品の購入が多い場合は、セルフメディケーション税制の対象になる可能性もあります。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の適用を受けることはできません。どちらが有利かは医療費の内訳によって変わるため、両方の控除額を試算して比較するのが確実です。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用還付見込み額を知りたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターで、両制度を横並びで比較できます。