結論から言うと、自営業・フリーランスの場合は経費控除後の総所得金額等を直接入力して医療費控除額を試算する方が実態に近い数字になります。総所得金額等300万円・医療費35万円というケースで見ていきます。
自営業は総所得金額等を直接入力するのが基本
会社員は額面年収から給与所得控除を差し引いて総所得金額等を概算できますが、自営業・フリーランスは経費の構造が人によって大きく異なるため、確定申告書や青色申告決算書に記載する総所得金額等の数字をそのまま入力する方が正確です。
想定ケース：総所得金額等300万円、医療費35万円
経費を差し引いた総所得金額等が300万円、家族の通院・歯科治療も含めた医療費が35万円、保険金等の補填がないケースで試算します。
医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計額 － 保険金等で補填される金額 － 足切り額
総所得金額等300万円は200万円以上のため、足切り額は10万円です。医療費控除額は「35万円－0円－10万円＝25万円」になります。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）還付額の目安
控除額25万円に、仮に所得税率を10%とすると、所得税の還付目安はおよそ2.6万円になります。これとは別に、翌年度の住民税がおよそ2.5万円軽減される目安になります。所得税率は所得水準によって変わるため、実際の還付額は試算した数字と異なる場合があります。
セルフメディケーション税制も選択肢に入る
ドラッグストアでOTC医薬品をよく購入する人は、健康診査等の「一定の取組」を行っていれば、セルフメディケーション税制の対象になる可能性があります。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の適用を受けることはできません。医療費が少ない年はセルフメディケーション税制、医療費が多い年は医療費控除、というように年によって有利な方が変わることもあります。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）・国税庁タックスアンサー No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用還付見込み額を知りたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターで、両制度を横並びで比較できます。