結論から言うと、夫婦の医療費をまとめて申告する場合、一般的には所得の高い方（税率が高い方）が申告する方が還付額が大きくなりやすい傾向があります。夫の年収700万円・妻の年収300万円というケースで比較します。
生計を一にする家族の医療費はまとめられる
医療費控除は、本人が支払った医療費だけでなく、生計を一にする配偶者のために支払った医療費もまとめて合算できます。夫婦どちらが申告してもよく、まとめて1人の名義で申告するのが一般的です。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）想定ケース：夫の年収700万円・妻の年収300万円、世帯の医療費40万円
世帯合計の医療費40万円、保険金等の補填がなかったケースで、夫が申告する場合と妻が申告する場合を比較します。
医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計額 － 保険金等で補填される金額 － 足切り額
どちらが申告しても医療費控除額そのものは「40万円－0円－10万円＝30万円」で同じです（夫・妻とも総所得金額等が200万円以上のため足切り額は10万円）。違いが出るのは、控除額に掛かる所得税率です。
還付額の目安を比較
夫（総所得金額等およそ520万円）が申告する場合、仮に所得税率を20%とすると、所得税の還付目安はおよそ6.1万円になります。妻（総所得金額等およそ202万円）が申告する場合、仮に所得税率を5%とすると、所得税の還付目安はおよそ1.5万円になります。このケースでは、所得税率が高い夫が申告した方が還付額の目安は大きくなります。一般的には、所得が高く税率区分も高い方が申告する方が有利になりやすいと言えますが、実際の税率は個々の所得状況によって異なるため、両方の名義で試算して比較するのが確実です。
セルフメディケーション税制との関係
夫婦どちらかがOTC医薬品を多く購入している場合、セルフメディケーション税制の対象になる可能性もあります。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の適用を受けることはできません。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用還付見込み額を知りたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターで、両制度を横並びで比較できます。