結論から言うと、医療費控除は診療を受けた日ではなく、実際に医療費を支払った日を基準に、その年の医療費として計上します。12月に受診して支払いが翌年1月になった場合、その医療費は診療を受けた年ではなく、実際に支払った翌年の医療費控除の対象になります。
基準になるのは「支払った日」
医療費控除の対象になるのは、その年の1月1日から12月31日までの間に支払った医療費です。診療や入院を受けた日がいつであっても、実際にその代金を支払った日が属する年の医療費として扱われます。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）具体例で確認する
たとえば、12月末に入院・手術を受け、退院時の会計で医療費を支払ったのが翌年1月だった場合、この医療費は診療を受けた年ではなく、実際に支払った翌年分の医療費控除の対象として計上します。逆に、12月中に前払い・概算払いとして医療費を支払った場合は、その年の医療費として扱われます。
クレジットカード払いの場合
クレジットカードで医療費を支払った場合は、一般的には、カードの引き落とし日ではなく、医療機関等の窓口でカードによる支払い手続きを行った日（利用日）が支払った日として扱われるとされています。年末に近い時期にカード払いをした場合は、引き落としが翌年になっても、その年の医療費として計上できる可能性があります。
分割払い・後払いになった場合
医療費を分割払いや後払いにした場合は、一般的には、実際に代金を支払った日を基準に、その支払いが行われた年の医療費として計上するとされています。まだ支払いが終わっていない残りの代金は、支払いが完了した年の医療費として扱われるため、支払いのたびに日付と金額を記録しておくと、年をまたぐ場合でも整理しやすくなります。
セルフメディケーション税制でも考え方は同じ
セルフメディケーション税制の対象となるOTC医薬品の購入費についても、実際に購入・支払いをした日を基準にその年の対象額として計上します。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の適用を受けることはできません。
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