結論から言うと、セルフメディケーション税制とは、ドラッグストア等で購入した特定一般用医薬品等（スイッチOTC医薬品）の購入費が一定額を超えた場合に受けられる控除で、通常の医療費控除の特例という位置づけの制度です。
対象になるOTC医薬品
対象になるのは、医療用医薬品から市販薬に転用された「スイッチOTC医薬品」等、国税庁・厚生労働省が対象品目として定めている医薬品です。対象商品にはパッケージに識別マークが表示されているものが多く、購入時のレシートにも対象製品である旨が記載されるため、レシートを保管しておくことが控除額を計算するうえで欠かせません。
控除額の計算方法
セルフメディケーション税制の控除額は次の式で計算します。
セルフメディケーション税制控除額 ＝ 特定一般用医薬品等購入費の合計額 － 保険金等で補填される金額 － 12,000円
控除額の上限は88,000円です。通常の医療費控除の足切り額（10万円等）と比べると基準額が低く設定されているため、医療費全体は少なくてもOTC医薬品の購入が多い年は活用しやすい制度です。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）・令和7年分確定申告特集 セルフメディケーション税制とは「一定の取組」という適用要件
セルフメディケーション税制を利用するには、その年に健康診査・予防接種・勤務先の定期健康診断・特定健診（メタボ健診）・がん検診等のいずれかの「一定の取組」を行っていることが要件になります。単にOTC医薬品を購入しただけでは適用されない点に注意してください。
通常の医療費控除との違い（選択制）
セルフメディケーション税制は、通常の医療費控除と同じ年に併用することはできません。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、どちらか一方を選んで確定申告する必要があります。入院や手術など医療費全体が大きい年は通常の医療費控除が有利になりやすく、大きな病気はないがOTC医薬品をよく購入する年はセルフメディケーション税制が有利になりやすい傾向があります。
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