結論から言うと、医療費控除の「控除額」と、確定申告後に実際に戻ってくる「還付金額」は同じ金額ではありません。控除額そのものが戻ってくるわけではなく、控除額に所得税率を掛けた金額が還付額の概算になります。この違いを理解していないと、還付見込み額を大きく見誤ってしまいます。
控除額とはあくまで「課税所得を減らす金額」
医療費控除額は次の式で計算します。
医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計額 － 保険金等で補填される金額 － 足切り額
この式で求めた控除額は、所得税や住民税を計算するもとになる「課税所得」を減らすための金額です。控除額そのものが現金として戻ってくるわけではなく、課税所得が減った結果、その分にかかっていたはずの税額が軽減される、という仕組みになっています。
出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）還付額の概算式
所得税の還付見込み額は、おおむね次の考え方で概算できます。
所得税の還付見込み額（概算） ＝ 医療費控除額 × 所得税率（＋復興特別所得税2.1%上乗せ分）
所得税率は課税所得の水準によって段階的に上がる累進課税のため、同じ控除額でも所得が高い人ほど還付見込み額は大きくなる傾向があります。
具体例で確認する
たとえば医療費控除額が20万円で、適用される所得税率が10%の場合、還付見込み額の概算は20万円×10%×1.021（復興特別所得税上乗せ分）＝約2万420円になります。控除額の20万円がそのまま戻ってくるわけではない点に注意してください。
住民税の軽減もあるが「還付」とは呼び方が違う
医療費控除には所得税の還付だけでなく、翌年度の住民税が軽減される効果もあります。ただし住民税の軽減は当年に現金が戻る「還付」ではなく、翌年度に課税される住民税額そのものが少なくなる、という形で反映されます。時期も形式も所得税の還付とは異なるため、「還付金額」として一緒くたに扱わず、別枠で理解しておくことが大切です。
セルフメディケーション税制でも同じ考え方
セルフメディケーション税制の控除額も、同じように控除額に所得税率を掛けたものが還付見込み額の概算になります。ただし医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の還付を受けることはできません。
ご自身の所得・医療費を入れて、控除額と還付見込み額の両方を具体的に確認したい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターをご利用ください。