医療費控除とセルフメディケーション税制の違いとは？併用できる？

結論から言うと、医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制の制度で、同じ年に両方の適用を受けることはできません。どちらか一方を選んで確定申告する必要があります。この記事では、2つの制度の違いと、控除額の計算方法、どちらを選ぶべきかの考え方を解説します。

医療費控除とは

医療費控除は、1年間（1月1日〜12月31日）に自分や生計を一にする家族のために支払った医療費が一定額を超えた場合に受けられる所得控除です。控除額は次の式で計算します。

医療費控除額＝支払った医療費の合計額－保険金等で補填される金額－足切り額

足切り額は、その年の総所得金額等によって変わります。

総所得金額等	足切り額
200万円以上	10万円（一律）
200万円未満	総所得金額等 × 5%

控除額の上限は200万円です。生命保険の入院給付金や健康保険の高額療養費など、医療費に対して補填されるお金があれば、その分を差し引いてから計算する点に注意してください。

出典: 国税庁タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）

セルフメディケーション税制は「医療費控除の特例」で、ドラッグストア等で購入したスイッチOTC医薬品（医療用医薬品から市販薬に転用された医薬品等）の購入費が一定額を超えた場合に受けられる控除です。

セルフメディケーション税制控除額＝特定一般用医薬品等購入費の合計額－保険金等で補填される金額－ 12,000円

控除額の上限は88,000円です。この制度を利用するには、その年に健康診査・予防接種・勤務先の定期健康診断・特定健診（メタボ健診）・がん検診等の「一定の取組」を行っていることが要件になります。単にOTC医薬品を購入しただけでは適用されません。

出典: 国税庁タックスアンサー No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）・令和7年分確定申告特集セルフメディケーション税制とは

ここが最も誤解されやすいポイントです。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、同じ年に両方の適用を受けることはできません。どちらか一方を選んで確定申告する必要があります。一度どちらかを選んで申告した後に、後からもう一方に変更することもできません。

出典: 国税庁タックスアンサー No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用

一般的には、次のような目安で考えることができます。

入院・手術・歯科治療など医療費全体が大きい年は、医療費控除の方が有利になりやすい

大きな病気はないがOTC医薬品をよく購入する年は、セルフメディケーション税制の方が有利になりやすい

どちらが有利かは、医療費の内訳や所得によって変わるため、実際に両方の控除額・還付見込み額を計算して比較するのが確実です。

還付見込み額を知りたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制還付金シミュレーターで、両制度を横並びで比較できます。

医療費控除は「支払った医療費－保険金等－足切り額（10万円 or 総所得金額等の5%）」、上限200万円

セルフメディケーション税制は「OTC医薬品購入費－保険金等－12,000円」、上限88,000円、健康診査等の「一定の取組」が要件

2つの制度は選択制で併用不可。両方の控除額を計算して比較し、有利な方を選ぶ

本計算は参考情報です。実際の控除額・還付額は確定申告書の記載内容や税務署の判断により異なります。医療費控除とセルフメディケーション税制は選択制であり、併用できません。最新の制度内容は国税庁の情報をご確認ください。