結論から言うと、入院・手術で医療費が増えた年は、医療保険の入院給付金など保険金で補填された金額を差し引いた上で、医療費控除の対象になるかを確認します。この記事では、架空の事例をもとに控除額と還付見込み額の計算過程を紹介します。以下はあくまで一例であり、実在の人物のケースではありません。
事例設定（架空の例）
会社員（年収500万円）が、虫垂炎で入院・手術をしたケースを想定します。
計算過程
まず、支払った医療費から保険金等の補填額と足切り額を差し引きます。総所得金額等が200万円以上のため、足切り額は10万円です。
医療費控除額 ＝ 35万円 － 10万円（入院給付金） － 10万円（足切り額） ＝ 15万円
控除額がそのまま戻ってくるわけではなく、控除額に所得税率を掛けた金額が還付の目安になります。
所得税の還付見込み額（概算） ＝ 控除額15万円 × 税率（復興特別所得税込み） ≒ 1万5,315円
このほか、翌年度の住民税が約1万5,000円軽減される見込みです。こちらは当年の還付ではなく、翌年度の住民税額から差し引かれる形になります。
結果まとめ
入院給付金を差し引かずに35万円全額で計算してしまうと控除額を過大に見積もってしまうため、保険金等の補填額は必ず差し引いてください。健康保険の高額療養費制度と医療費控除は別の制度であり、高額療養費として払い戻された金額も「保険金等で補填される金額」として差し引く必要がある点は共通しています。一方で、入院時の食事療養費の自己負担分や、通院・入院のための公共交通機関の交通費は医療費控除の対象に含められる場合があるため、あわせて確認しておくとよいでしょう。
ご自身の年収・医療費・保険金額を入れて試算したい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターをご利用ください。