結論から言うと、医療費控除だけを目的とした申告（還付申告）は、確定申告の一般的な期限を過ぎても、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。ただし、すでに確定申告書を提出済みで内容を訂正したい場合は、別の手続き（更正の請求）が必要です。この記事では、状況別に手続きの違いを整理します。
そもそも確定申告をしていなかった場合
会社員など、本来は確定申告をする必要がない人が医療費控除だけを目的として申告する場合、この申告は「還付申告」に当たります。還付申告書は、通常の確定申告期間（2月16日〜3月15日ごろ）とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。つまり、期限を過ぎてしまっても慌てる必要はなく、5年以内であれば申告して還付を受けられます。
出典: 国税庁タックスアンサー No.2030 還付申告すでに確定申告書を提出済みの場合
自営業者など、もともと確定申告が必要な人が、医療費控除の記載を忘れたまま申告書を提出してしまった場合は、事情が異なります。この場合は「更正の請求」という手続きにより、納めすぎた税金の還付を求めることになります。更正の請求ができる期間は、原則として法定申告期限から5年以内です。
出典: 国税庁タックスアンサー No.2026 確定申告を間違えたとき手続きの窓口
還付申告・更正の請求のいずれも、所轄の税務署に申告書・請求書を提出することで手続きを行います。国税庁の確定申告書等作成コーナーを利用して作成し、e-Taxで電子申告することもできます。具体的な必要書類や記入方法は、税務署や国税庁の情報で確認するのが確実です。
医療費控除の還付見込み額をあらかじめ試算しておきたい方は、医療費控除・セルフメディケーション税制 還付金シミュレーターをご利用ください。